El recorrido de casi setenta años de memorias del Colegio Saint Francis debe iniciar haciendo una coyuntura histórica de la llegada de los Frailes Menores Conventuales a nuestro país, como misioneros provenientes de Trenton, New Jersey. Muchos de ellos se enamoraron de Costa Rica y se quedaron para siempre, por eso es importante resaltar que la historia de la Institución realmente comienza un 21 de marzo de 1946, cuando Fray Eugenio Zwall y Basil Carbett arribaron a nuestro país. Dos meses más tarde, llegaron los frailes Buenaventura Imhoff, David Schulze, Román Ondecko, Eustaquio Brosenne, Bertrand Hodes y Maury Marhafer con todos ellos se aprendió el amor a la vida y a nuestro Patrono y Padre San Francisco de Asís.

En el año 1950, Monseñor Víctor Manuel Sanabria Martínez, Arzobispo de San José, solicitó la colaboración de los Frailes Menores Conventuales para llevar a cabo su deseo de que se impartiera en Costa Rica una educación católica, donde los valores del evangelio y el carisma franciscano determinaran un sistema de alta calidad educativa y una formación integral en lo espiritual, académico, artístico, deportivo, cultural y tecnológico, con un elevado desarrollo intelectual y espiritual para la formación de los futuros líderes del país, con énfasis en el idioma inglés.

El 20 de marzo de 1950, el Colegio Saint Francis abrió sus puertas en Barrio Aranjuez, siendo su fundador y Director el Padre David Schulze. Al poco tiempo de fundado el Colegio, empezó a distinguirse por su formación espiritual, académica y deportiva. Rápidamente comenzó a crecer en matrícula y reconocimiento a nivel nacional, por lo que fue importante encontrar una nueva sede. Un ferviente católico, don André Challe, donó a la Orden un terreno ubicado en el cantón de Moravia, lugar en donde hoy en día están ubicadas las instalaciones del Saint Francis College.

Por las insistentes peticiones de los padres de familia, deseosos de confiar la educación de sus hijos a tan prestigiosa Institución, se abrió, en el año 1973, el Preescolar y la Primaria, con la Profesora Jeannette Cartín Rodríguez como Coordinadora Académica. También en este mismo año, inició el sistema educativo mixto, pues previamente se había establecido únicamente para varones. A partir de ese año la Institución cuenta con las tres unidades académicas de Preescolar, Primaria y Secundaria.

De esta manera, notando el gran aporte que esta respetada y prestigiosa Institución ha dado a la sociedad costarricense, surge, en la Orden, la inquietud de construir una sede en la provincia de Alajuela.

En diciembre del 2017, siendo el Director General, Fray Walter Loáisiga González, se lleva a cabo el Primer Capítulo de la Custodia María Madre de Misericordia, por los Frailes Menores Conventuales en Centroamérica. . Durante el mismo se aprobó la propuesta para la apertura de una sede del Saint Francis College en Alajuela y de esa manera ofrecer en esta provincia la mejor oferta educativa católica de Costa Rica.

Para el año 2019, se inicia el Preescolar Saint Francis Alajuela con la Licenciada Damaris Marín Herrera como Coordinadora Académica, con los niveles de Maternal, Pre-Kinder, Kinder y Preparatoria. Para el año 2020, la Institución abre las puertas para Primaria.